Warna-warni terumbu karang yang ada di perairan Raja Ampat terpancar begitu indah. Tanpa harus menyelam dan masuk ke laut dalam, semua isi laut dangkalnya sudah terlihat dan mewakili hampir sebagian besar isi laut dalamnya. Ikan-ikan kecil seperti menari memamerkan liukan tubuh mereka. Gelombang ombak yang tenang memberikan mereka kesempatan untuk berenang berkelompok dan mendekat ke wilayah tinggal manusia. Ikan-ikan berpadu dengan karang yang menawan menyuguhkan sebuah surga bagi para penyelam dunia. Laut Raja Ampat memang memiliki keindahan yang belum tertandingi oleh tempat mana pun di Indonesia. Bahkan, Raja Ampat dapat disetarakan dengan perairan indah dunia seperti Maladewa, Laut Tengah, atau Kepulauan Fiji.
Raja Ampat merupakan salah satu dari 10 tempat menyelam terbaik yang dimiliki dunia. Tak hanya itu, Raja Ampat juga diakui sebagai perairan nomor satu di dunia yang memiliki flora fauna terlengkap di dunia. Seorang ahli karang, Dr. John Veron, pernah menyebutkan dalam penelitiannya bahwa Raja Ampat mempunyai 450 jenis karang yang teridentifikasi masih dalam kondisi berkembang sangat baik.
Sebuah lembaga Conservation International (CI) yang bekerjasama Lembaga Oseanografi Nasional (LON) dan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) juga pernah melakukan sebuah penelitian pada tahun 2001 dan 2002. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa Raja Ampat memiliki hampir 75% terumbu karang yang ada di seluruh dunia. Selain itu, perairan Raja Ampat adalah tempat tinggal bagi 1.000 lebih jenis ikan dan 700 jenis moluska. Kesimpulan penelitian itu adalah tak ada satu pun perairan dunia yang memiliki kondisi ini selain Raja Ampat.
Wilayah Laut Raja Ampat meliputi lebih dari 85% dari keseluruhan area Raja Ampat. Kondisi ini berbanding terbalik dengan wilayah daratannya. Hal ini tentu saja menjadi daya tarik tersendiri bagi Raja Ampat, khususnya di mata para penyelam. Adapun, titik penyelaman yang terkenal di Raja Ampat antara lain adalah Cape Kri yang tidak jauh dari pulau Mansuar, Blue Magic yang mempunyai karang indah, serta wilayah perairan sekitar Pulau Arborek yang merupakan habitat ikan pari manta. Spesies ikan yang hidup di perairan ini melebihi jumlah spesies hewan daratnya.
Para penyelam dunia begitu mencintai Raja Ampat karena kekayaan hayati yang ada di bawah lautnya, hingga menyebut Raja Ampat sebagai Surga Bawah Laut Dunia. Banyak spesies hewan laut unik seperti wobbegong (sejenis ikan sotong ata cumi-cumi), kuda laut mini, atau bahkan ikan-ikan besar seperti hiu, ikan pari manta, dan ikan duyung yang legendaris. Para penyelam juga sering menemukan dan berenang dengan kumpulan ikan tuna, giant trevaly, atau snappers. Bahkan, ikan berbahaya seperti barakuda pun sering menemani para penyelam ketika menikmati indahnya ekosistem bawah laut Raja Ampat.
Keanekaragaman Laut Raja Ampat dipengaruhi oleh letaknya di perairan antara 2 benua dan 2 samudra.
Keanekaragaman yang dimiliki Laut Raja Ampat disebabkan oleh posisi wilayahnya yang berada di perairan antara 2 benua dan 2 samudra. Hal ini menyebabkan terjadinya banyak persilangan ekosistem dan spesies antara 2 wilayah besar Asia-Pasifik.
Kondisi perairan Raja Ampat juga tergolong sangat baik bagi perkembangbiakan ekosistem laut. Suhu permukaan laut berkisar sekitar 28 derajat Celsius dan di kedalaman tertentu mencapai 27 derajat Celsius. Selain itu, cahaya matahari pun dapat menembus kedalaman laut hingga 30 meter. Tentu saja ini sangat baik bagi terumbu karang dan ikan-ikan laut Raja Ampat. Ekosistem terumbu karang di Raja Ampat pun mempunyai sifat khusus yang bisa mengelola makanan sendiri bagi organisme-organisme di dalamnya secara aktif. Padahal, ekosistem terumbu karang di Raja Ampat merupakan wilayah yang miskin unsur hara dan nutrisi (oligotropik).
Terumbu karang di Raja Ampat punya kemampuan untuk memproduksi makanannya sendiri bagi organisme-organisme di dalamnya.
Keindahan dunia bawah laut Raja Ampat tidak perlu diragukan lagi. Raja Ampat merupakan sebuah aset besar bagi kesuksesan pelestarian terumbu karang dan populasi ikan laut dunia. Kepulauan Raja Ampat memiliki peran penting bagi kelestarian alam dunia, oleh karena itu banyak sekali lembaga konservasi dunia yang mengarahkan fokus mereka pada tempat ini. Wisatawan mancanegara bahkan perlu memiliki izin khusus untuk memasuki wilayah perairan Raja Ampat.
Pemerintah Indonesia sudah mengeluarkan banyak pelarangan untuk menangkap ikan-ikan langka di Raja Ampat. Selain itu, berbagai upaya konservasi terumbu karang pun sudah dilakukan di beberapa tempat seperti Pulau Misool atau Pulau Waigeo. Semua ini merupakan upaya demi terciptanya kelestarian alam dunia yang dimulai dari Surga Bawah Laut Raja Ampat.
