Banyak situs bersejarah peninggalan Kesultanan Aceh hancur selama perang melawan Hindia Belanda. Beberapa diantaranya, makam dari Sultan Iskandar Muda dan anggota keluarganya, yaitu Putri Kamaliah dari Pahang (Putroe Phang), Sultanah Safiatuddin Tajul Alam dan Puteri Sendi Ratna Indera.
Makam-makam tersebut hilang tanpa jejak dan untuk memutus keterikatan masyarakat Aceh dengan sejarah puncak kejayaan mereka di masa Iskandar Muda. Setelah hilang selama ratusan tahun, Makam Sultan Iskandar Muda yang telah berusia tiga abad akhirnya berhasil ditemukan dan kemudian dipugar kembali.
Iskandar Muda tercatat sejarah sebagai penguasa di puncak kejayaan Kesultanan AcehMakam ini ditemukan kembali atas informasi dari Pocut Meurah, istri Sultan Mahmud SyahSultan Iskandar Muda (1590-1636 M) merupakan penguasa pada puncak kejayaan Kesultanan AcehPocut Meurah mengingat jarak makam ke tepi Krueng Daroy adalah 44 langkahBeberapa Sultan dan anggota keluarga lain dari kesultanan dimakamkan tidak jauh dari Makam Sultan Iskandar MudaKandang Meuh, Makam dari beberapa anggota keluarga Kesultanan AcehMakam ini menjadi sasaran penghancuran oleh Hindia Belanda untuk menghapus sejarah kejayaan AcehMakam Sultan Iskandar Muda yang sempat hilang akibat penghancuran oleh Hindia BelandaSelain Makam Sultan Iskandar Muda, terdapat komplek makam Kandang Meuh dan keluarga kesultanan lainnyaGerbang masuk ke komplek Makam Sultan Iskandar MudaKomplek makam dari beberapa Sultan dan keluarga kerajaanMakam Penguasa di era kejayaan Kesultanan Aceh ini sempat hilang selama ratusan tahunMakam yang ada saat ini merupakan replika dari makam asli yang dihancurkan Hindia Belanda
Adalah Pocut Meurah, istri dari Sultan Mahmud Syah yang membantu menguak misteri mengenai lokasi makam Sultan Iskandar Muda yang hilang. Pocut Meurah sering berziarah ke makam Sultan yang berada di Komplek Kandang Mas yang sempat dihancurkan Belanda.
Ia mengingat dengan baik bahwa posisi makam Sultan berada 44 langkah dari tepi sungai Krueng Daroy. Lokasi makam Sultan saat ini berada tepat disamping Meuligoe Aceh, tempat kediaman Gubernur Aceh.