Tepat di belakang Museum Mulawarman, berdiri sebuah bangunan megah dengan arsitektur klasik. Bangunan tersebut adalah Kedaton Kutai Kartanegara, istana baru milik Kesultanan Kutai Kartanegara Ing Martadipura. Pembangunan istana ini merupakan bagian dari program yang dicanangkan oleh pemerintah setempat untuk menghidupkan kembali Kesultanan Kutai sebagai salah satu warisan tradisi yang pernah dimiliki Kabupaten Kutai Kartanegara. Istana ini diresmikan menjelang penyelenggaraan Festival Keraton Nusantara III yang berlangsung pada Bulan September 2002.
Secara arsitektur, bangunan Kedaton Kutai mengadaptasi bentuk istana atau keraton yang pernah dibangun pada masa pemerintahan Sultan Aji Muhammad Alimuddin (1899-1910 M). Yang membedakan, konstruksi Kedaton Kutai tidak menggunakan kayu ulin (kayu besi) seperti keraton yang lama, tetapi menggunakan konstruksi beton.
Selain itu, posisi bangunan Kedaton menghadap ke arah barat, membelakangi Sungai Mahakam. Sementara, bangunan istana yang lama menghadap ke arah timur atau tepat ke arah Sungai Mahakam. Perbedaan lainnya, bangunan Kedaton Kutai memiliki lantai bawah tanah selain dua lantai yang ada pada desain aslinya.
Bagian dalam bangunan Kedaton merupakan sebuah ruangan dengan area tengah yang terbuka. Area terbuka ini berfungsi sebagai aula untuk acara-acara resmi Kesultanan. Di sisi paling timur ruangan ini, terdapat sepasang singgasana berlapis emas yang diapit dua patung Lembu Suana. Lantai dua dari bangunan berbentuk tribun selebar kurang lebih 2 meter, mengelilingi ruangan di sisi utara, barat, dan selatan dari ruang utama. Di bawah tribun ini, terdapat sejumlah ruangan, antara lain ruangan berisi gamelan yang terletak di sisi selatan singgasana dan ruang tidur pengantin di sisi utara.
Baca juga: Museum Kayu Tuah Himba
Lantai bawah tanah menjadi ruangan pameran memorabilia peninggalan Kesultanan Kutai. Di antara koleksi yang tersimpan di ruangan ini adalah foto sejumlah sultan yang pernah berkuasa serta busana khusus untuk tari ganjur. Terdapat pula sejumlah dokumentasi ajang Festival Keraton Nusantara III, momen ketika para pewaris dari berbagai kesultanan di seluruh Indonesia berkumpul. Selain itu, di lantai dasar ini juga terdapat kantor lembaga (protokoler) Kesultanan yang menjalankan tugas mengatur acara-acara Kesultanan.
